Wayward Pines lakói az Első Generáció vaskalapos uralma ellen harcolnak. Dr. Theo Yedlin – Wayward Pines új lakója – magához tér a hibernációból, és a lázadás közepén találja magát. Eközben igyekszik megérteni, hogy milyen hely is valójában Wayward Pines, és segít a veszélyeztetett emberi faj megmentésében.